อำเภอศรีสาครเดิมมีชื่อว่า “ซากอ”  เป็นหมู่บ้านเล็กๆ คำว่า “ซากอ” เป็นภาษาท้องถิ่นใช้เรียกชื่อต้นไม้ชนิดหนึ่งมีลักษณะเป็นไม้เนื้อแข็ง มีดอกสีแดงมีอยู่จำนวนมาก ในเขตนี้ให้ประโยชน์ทั้งต้นไม้ดอก และใบ ปัจจุบันได้ถูกตัดทำลายหมดแล้ว

                ในปีพ.ศ.  2506  หน่วย กรป.กลางได้เข้ามาดำเนินการจัดตั้งหน่วยพัฒนาการเคลื่อนที่  (นพค.)  ในพื้นที่นี้นานถึง  11  ปี  จนถึง พ.ศ.  2517  ตำบลซากอซึ่งเป็นตำบลหนึ่งขึ้นกับการปกครองของอำเภอรือเสาะ  จังหวัดนราธิวาส  เมื่อมีความเจริญขึ้นในทุกด้าน  กรมการปกครองกระทรวงมหาดไทย  จึงได้ตั้งขึ้นเป็นกิ่งอำเภอ  โดยชื่อว่า  “กิ่งอำเภอศรีสาคร” ทั้งนี้เนื่องจากเป็นพื้นที่ที่มีแม่น้ำสายบุรีไหลผ่านตอนกลางของกิ่งอำเภอศรีสาครทำให้มีน้ำอุดมสมบูรณ์ เดิมกิ่งอำเภอศรีสาครแบ่งเป็น 2  ตำบล  คือ  ตำบลซากอ  และตำบลศรีสาคร

                วันที่  25  มีนาคม  2522  ได้ประกาศในราชกฤษฎีกา  ยกฐานะขึ้นเป็นอำเภอศรีสาคร  แบ่งการปกครองออกเป็น  3  ตำบล  คือ  ตำบลซากอ  ตำบลศรีสาคร  และตำบลตะมะยูงต่อมาในวันที่  1  สิงหาคม  2529  ได้ขยายการปกครองออกเป็น 6  ตำบล  ตำบลซากอ  ตำบลศรีสาคร  ตำบลตะมะยูง  ตำบลศรีบรรพต  ตำบลเชิงคีรี  และตำบลกาหลง